玉器的颜色分为两类：一类是材质本身的颜色。也就是玉矿之色，常见的有白色、灰白色、绿色、天青色、黄色、黑色，这些颜色的形成同玉材中所含的微量元素有关；第二类是玉制成品后出现的颜色变化，这是古玉研究中令人关注的问题。
玉制成后发生的色变有下列几种：
1.玉材在空气中的氧化。玉材暴露于空气中会产生风化，主要的变化是氧化，如人们在相玉时，经常需要透过玉璞去猜测里面的玉色，而多数玉璞的外皮与内部玉料成色不一。从岩石学角度上看，玉亚外皮与内核为同一种岩石，成色上的差异是由风化所造成的。台湾大学的一位地质学家在河床中采集玉璞时遇到这样的情况，玉璞的上半部暴露于空气中，带有赭色薄膜，下部长期浸于河水内，呈玉的原色(邓淑苹：《仿伪古玉研究的几个问题》)。这些情况说明，玉材在空气中是会出现风化或颜色上的变化，但这种风化和颜色变化视材质的细密程度而不同，质地坚细的玉料所产生的风化要小，或者不产生变化，质地松散的产生的变化较大。还有很多被采集到的玉籽，表面莹润，几乎没有色泽上的变化。玉材在空气中被氧化而产生的色变的过程是非常缓慢的，一些玉器在自然状下置放数百年，表面色泽几乎没有变化，故宫博物院存有一批明代玉带板，其中一些白玉光素带板，可能为明代前期的作品，表面颜色已经发暗，局部呈灰黄色，应该是空气中含氧气体侵蚀所产生的颜色变化。据此我们可以推断，玉器在自然状态下置放五百年左右，一些玉的表面或可产生可辨识的微小色变，这种色变往往发生在某些白玉、青玉制品上。
2.玉器在墓葬中产生的颜色变化。古墓中出土的古玉器，多数都带有颜色变化，变化产生的原因，可能是由墓中随葬物所含化学成份所致，也可能受土壤中化学成份的侵蚀所致。对这一问题，古人曾给予了很大的注意，称为"沁色"，意即墓中或土壤中的某些成份渗入或沁入了玉中，使玉产生了色变，现代人借用古人语言，也使用了"沁色"这一词语。
3.人工盘摩。玉器制成后，经过使用者一定时间的手工摩擦，或与人体的长期摩碰。表面光泽会更润，透明度会略强，尤其是入过土的古玉器，经过盘摩，颜色还会产生变化。邓淑苹先生在《仿伪古玉研究的几个问题》中指出，有些玉的红色是"入土受沁后，又经盘摩，逐渐转变的'熟红'"(邓淑苹《传世古玉辨伪与鉴考》)。
4.人工染色。对玉的人工染色是非常古老的工艺，只要存在着对古玉颜色的追求，就存在着人工染玉的可能。最初的人工染玉仅是追求玉器美感，随着伪古玉的出现，玉染色便成为仿古做旧的重要手段。有材料说明，宋代的仿古玉制造中已经采用了人工做旧的方法，这种方法在明，清两代又有重要发展，时至今日，伪古玉制造泛滥，人工染色又成为仿伪做旧的主要手段。
下面是几种主要玉色的识别简要：
一般来看，玉的本色是较易识别的，主要有青、白、黑、黄、绿等颜色。而人工染色与玉的色变却非常难以识别，在玉器鉴别时，往往遇到人工染色，沁色及玉本色相互类似的现象，这就需要识玉者认真进行分辨。这类现象主要有下列几种：
1.黄斑与土沁
一些青玉、白玉制品往往带有黄斑，这些黄斑可分为玉皮色、沁色、染色三类。玉皮色是玉材表皮原有的颜色，这种颜色是玉材在空气中风化所致，可分为两种，一种是年久风化，玉的表皮已糟朽，形成较厚的皮层，皮层往往呈深黄、暗赭等色，也就是人们常讲的玉璞之皮，从玉璞的外面已很难了解内里的玉色。另一种风化时间较短，表面仅呈薄膜状，常出现于玉籽上，从外面常能透出里面的玉色。一些出土古玉上也带有这种黄斑，《格古要论》一书记载："尝见菜玉连环上俨然黄土一重，并洗不去，此土古也。"也就是说这种黄色是玉器在土内埋藏所致，按照古人的说法，这种玉经盘摩后，颜色变化更为复杂。孔尚任在《享金簿》中谈及古玉沁色："汉玉羌笛、色甘黄如柳花，…为汉器无疑，全体光莹，不沾汗浆，亦无土花"，"雷纹汉玉环，径二寸，内好相等，包浆熟润若凝酥也"。这里谈的汗浆、包浆，都是讲的玉沁色后又经盘摩而致。其实，在考古发掘中很少能见到带有黄色沁色的玉器，个别玉器上的黄色斑，很可能是原来的玉皮，传世玉器上带有的黄色斑块，往往是人工染色，因而遇到带有黄色斑的玉器，应认真分辨。
2.黑斑与水银沁
青白色玉料中常有局部的黑色，这是"白玉或青白玉的单晶料子之间，夹杂大量石墨所致"。(邓淑苹《传世古玉辨伪与鉴考》)。这类玉材大致有几种，一为黑色墨点存于透度较高的青白玉间，人们称为芝麻斑，汉代玉器至明清玉器中都有这类玉料使用。现代仿古玉也采用这类玉料。二为局部的浅淡墨色，其色深浅不一，有浓淡变化。三是纯黑如漆，在玉中形成斑块，黑色与白色界线分明。
古人把某些玉器上的黑斑称为水银沁，认为是玉材受到了土壤中的水银沁入产生的色变。其实，被称为带有水银沁的玉器，上面的黑斑很多是玉材中原有的墨色。存在不存在玉材受沁产生的黑色呢?迹象表明，某些玉器上的黑斑为土中埋斑为土中埋藏产生的色变，例如辽宁清源出土的红山文化兽首三环器，材质为青玉，中部三连环，两侧各有一个向外的兽头，局部裂纹中带有黑色(见《中国玉器全集》)。黑龙江出土的金代墨玉鱼，整体呈黑色，似炭精，局部露出玉材本色(见《中国玉器全集》)。安微巢湖出土的汉代玉佩，局部裂缝中带有黑色，这些玉器上的墨色斑，同我们能见到的带有墨斑的玉材，色斑绝不一致，应是埋藏形成的色变。
很多玉器上的黑色斑是人工染成的。人工染黑的方式大致可明确为二种，一为漆染，故宫存有一件属新石器时代的玉圭，展于玉器馆内，其圭已断，仅存半段，圭表墨褐色，油亮似漆，断面处可看出，作品原为青玉，表面一层墨色，似蛋壳，圭上的颜色绝非土中沁成，而是人工所染。明人在《格古要论》中便提到黑漆古，我们不能解析，黑古是用黑所染还是染成黑漆之色，这件作品用漆染的可能性非常大，作品为旧玉，染玉的年代已很难确定。人工染黑的第二种方法为火烧。"水银沁之真者黑白分界处明晰如刀截。若提油，用乌木屑煨黑者则模糊矣"，就是说，用提油法、木屑煨黑法也可做水银沁。晚清时，宫廷失火，烧毁大量器物，被烧玉器产生的色变有白，灰、黑等。白者温度高，黑者所受温度低，其中不乏黑似焦油而表面光亮者，有的残玉白中且黑半，明显表现出玉上的色变为人工烧烤而致。
3.白色斑与水沁
很多玉器经埋藏后会出现白色色斑，现实的识玉者称这种色斑为水沁，意即它的出现同土壤中含的水分有关系。清人在《玉纪补》中说："西土者，燥土也，南土者，温土也，燥土之斑干结，湿土之斑润溽，干结者色易鲜明，润溽者色经黯淡，…无土斑而有瘢痕者，水坑物也。"由此而知，清代人已经注意到了水沁的问题。
按照的解释，水坑玉的沁色应是无土斑而有瘢痕的玉器，也就是无黑、绿、黄、褐、红等沁色的沁色玉。这类沁色限于白色或灰色。从考古发掘到的玉器来看，白色或灰色沁的情况非常复杂，东北、山东、河北等地出土的玉器上，很可能见到白色沁斑，但辽宁建平出土的一件属红山文化玉器的玉兽头，表面全部呈暗灰色，已不见玉材的本色，形成的原因是沁色还是制造时的人工处理，目前还不便进行更深入的分析。河南地区新石器时代的玉器发现的很少。商代玉器大量出土，其中一些玉器呈象牙白色，应是玉料本身特点及沁色相结合的产物。还有很多玉器呈鸡骨白色，玉的比重也变轻，这种现象应该是沁色所造成的。但在河南出土的春秋战国玉器上却很难出现鸡骨白色，一些玉器上出现了局部的浸润性的水沁色变。江苏、浙江、江西、广东等南方省分出土的玉器中有很多带有水沁，这种水沁面积较大，深浅程度不同，一些作品的局部硬度已非常低。笔者在安微见到的少量汉代玉器上，看到有斑状灰白色沁，沁色分布较广，斑片不大但沁入很深，与周围的玉色形成较强的对比。
自然界的玉料中存有青白相混的玉材，故宫博物院乐寿堂存有清代制造的福海大玉海，它的玉料呈青碧色，但混有灰白色斑片，其色同一些古玉器上的沁色相仿佛，玉海内膛极大，掏出的玉料数量应很大，目前尚不见其它用此种玉料制造的器皿，相信掏出之料会被用去制造仿古玉器，因而利用玉料本身特点制造仿古水沁的可能是存在的。
人工仿造的玉器水沁大量存在，可用酸类液体浸泡、腐蚀，也可用火烧制。这两种方法制成的颜色，经观察是可以辨别的。
