玉的颜色可以分为两大类，一是原生色，二是次生色。原生色包括玉的本色，玉中杂质的颜色，玉与围岩相接之处玉与石交融的颜色，以及玉在成矿过程中再次交融、再次变质改变的颜色。
玉的原生色又可分为：白、黄、青、碧、墨等，它们之间的交融和玉中杂质色泽的参与，也会呈现不同的色彩。人们也往往依据玉的不同色彩来给玉命名，区分不同的玉种。
次生色可分为天然次生色和人为次生色。天然次生色完全是自然所为，如风化、淋滤、靠染、光照、氧化，使玉的原来颜色发生改变。人为次生色是玉被人开采之后，制作成为各种器物，由人盘摸、染色、随葬，后发掘出土，再为人所佩戴、把玩而造成的颜色改变。
天然次生色是玉形成之后，在漫长的地质年代，特别是褶皱上升到山上或初露地表之后，玉与周围的岩石、土壤、植物发生接触，通过渗透、浸泡、晾晒、靠染等作用，一些矿物成分进入玉中，玉中的一些矿物成分也会发生变化，这些都能改变玉石的原来颜色。同源山料冲到下游变成了籽料之后，因为经历的外界环境不同，时间长短的不同，“旅行”路途的不同，次生物质渗入玉中就不同，玉的表皮风化转色和玉质本身色泽的变化也就不同。这样才有了各种籽料不同的皮色与玉色。玉的这种颜色的改变完全是自然使入，非人为参作，所以称之为天然次生色。玉的原生色受到次生因素的侵扰，就会慢慢改变原来的颜色，这种物理、化学、人为环境的作用，使玉带上了次生颜色。
一旦玉进入了人们的生活，就会受到人为因素的影响。在长期佩戴、盘摸的过程中，传世的玉器会在表皮和内部慢慢出现转色。这是人们的汗脂、生活物品的接触、空气的氧化、光照等因素的影响造成的，不少传世古玉还会在玉的皮壳上留下细细的磨痕。葬玉会与墓葬中的物品相互接触，使玉受到沁变，从而改变了原来的颜色。还有的是人为在玉器的某个部位加工做上颜色，这种颜色的改变是人类活动造就的，所以叫人为次生色。
