在学理上，普洱茶后发酵的化学作用，就是茶叶内部多酚类化合物的氧化作用。这种氧化过程，会有三种作用情况：一是自动氧化作用；二是酶性氧化作用；三是曲菌氧化作用。虽然这三种氧化的功效，会破坏多酚类化合物，使滋味变淡，色泽转暗，但是这三种氧化作用过程是直接影响普洱茶的陈化速度、茶型外观以及色泽品味的主要因素。
在陈化历程中，氧化过程最慢的，是自动氧化作用；其次为酶性氧化作用；氧化过程最快速的，是曲菌氧化作用。根据初步了解，普洱茶后发酵情形只有两种：一是自动氧化和酶性氧化作用，两者混合进行；另一是自动、酶性及曲菌氧化作用，三者混合进行。前者的后发酵过程，我们叫它为干仓后发酵；后者的后发酵过程，称为湿仓后发酵。
根据一般知识，空气中的相对湿度在百分之八十以上者，容易造成曲菌的生长。这种会促进产生曲菌的环境，我们就叫它为湿仓；相反的，如果因为空气过于干燥，曲菌无法产生的环境，称它为干仓。湿仓后发酵就是有曲菌氧化的后发酵，所以湿仓后发酵，能促进普洱茶快速地陈化。
干仓后发酵的自动氧化和酶性氧化，属普洱茶内部成分的变化。但茶叶经高温蒸过或贮放了段时间后，酵素会失去催化功能，所以大部分的普洱茶干仓后发酵，只是自动氧化过程。湿仓后发酵，除了干仓后发酵的作用外，增加了外在曲菌氧化作用。曲菌的催促氧化，是曲菌寄生在茶叶上，对茶叶纤维的破坏性很强，因而破坏了茶叶的组织，并且也会留下霉菌的残留物，影响茶叶成分极大。
湿仓的后发酵已经大大破坏及改变了茶叶原有的本质，干仓的后发酵，对普洱茶本质真性的保存就理想多了。所以干仓贮放最适合普洱茶陈化的需要，是属于自然陈化过程。茶之味清，而性易移。藏法喜温燥而恶冷湿，喜青凉而恶蒸郁，喜清独而忌香臭（《茶笺》明 闻龙著）。
干仓后发酵，也称之为自然陈化普洱茶。湿仓后发酵，通常称之为霉变陈化普洱茶。形成湿仓茶的主要原因，是一些商人为了使新鲜的普洱生茶能及早饮用，而立即销售获利。一般在市面上看到的湿仓茶，绝大多数是由生茶形成的，极少看到有熟茶的湿仓茶。所以做成熟茶的原因，也就是为了能够提前饮用，马上出售，与湿仓茶的目的相同。近来有一些普洱茶品，是做成轻度发酵熟茶而后再加以湿仓陈化，其茶性的确比较接近真性特色。本内容来自《普洱茶》
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