普洱茶的后发酵，按其品质形成的快慢、所需时间长短，可分为快速后发酵（即潮水渥堆后发酵）和缓慢后发酵（即贮存陈化后发酵，有湿仓和干仓两种形式）；众所周知，普洱茶独特品质的形成主要是在普洱茶的后发酵中形成的，其间发生了一系列的化学反应。
一、茶多酚含量变化
茶多酚在茶汤中呈苦涩味，有较强的刺激性，是红、绿茶中的重要物质，多酚类物质在普洱茶品质的形成过程中发生一系列的氧化、聚和、缩合反应，也是形成普洱茶品质的重要活性物质，在普洱茶中与品质的相关系数为0.875。在普洱茶的后发酵过程中，茶坯中的茶多酚含量均呈减少趋势：在40余天的潮水渥堆发酵生产的普洱茶过程中，茶多酚减幅达48.45%，由原料的24.19%减少为五翻时的16.87%；2年期的贮存陈化普洱茶，湿仓发生的氧化、聚合等反应较为激烈，茶多酚含量分别由贮存前的29.88%（晒青茶）、28.99%（青饼）减少至16.94%、15.61%，降幅分别达43.31%、46.15%，与潮水渥堆后发酵的降幅接近，含量也基本达到渥堆发酵普洱茶的多酚类水平；而干仓中的转化速度缓慢，属于温和型，干仓贮存2年期茶坯的茶多酚含量还有27.07%（晒青茶）和28.99%（青饼），减少仅为9.4%、7.24%。
二、茶色素含量变化
普洱茶主要色素物质是茶黄素、茶红素、茶褐素，目前认为这三种色素是茶多酚的主要水溶性氧化产物，茶黄素是茶汤 亮 的主要成分；茶红素是茶汤 红 的主要成分；茶褐素是茶汤 褐 的主要成分。
茶黄素的含量在渥堆发酵过程中稍有增加，由原料时的0.26%增至五翻混合样的0.45%。在贮存陈化过程中，晒青茶和青饼的茶黄素含量呈波动性变化，在干仓中呈增加趋势，分别由存放前的0.26%、0.21%增至2年期的0.29%、0.25%，增幅11.58%和17.22%；而湿仓中则呈减少趋势，分别降至2年期的0.20%、0.17%，减幅18.19%和22.39%。
茶红素含量在普洱茶渥堆发酵过程中随翻堆次数增加而呈减少之势，由原料时的7.17%减少至五翻混合样的2.05%，减幅达70%。在贮存陈化过程中，随贮存环境条件不同，其变化趋势相反，干仓的增加，由存放前的7.47%（晒青茶）、7.22%（青饼）增至2年期的7.73%、7.77%；而湿仓的减少，2年期的减幅为33.55%、47.40%。
茶褐素含量在普洱茶的后发酵过程中均呈增加趋势。渥堆发酵过程中由发酵前的2.85%增至五翻时的13.61%，增幅377.54%；由贮存前的4.86%（晒青茶）、4.46%（青饼）增至干仓2年期的5.30%、5.06%和湿仓2年期的10.49%、8.62%，以渥堆发酵和湿仓贮藏的增加明显。
三、水浸出物含量变化
茶叶中水浸出物是指能被水浸泡出的物质，是茶汤的主要呈味物质。水浸出物含量的高低反映了茶叶中可溶性物质的多少，标志着茶汤的厚薄、滋味的浓强程度，从而在一定程度上反映茶叶品质的优劣，相关系数达0.879。水浸出物含量在普洱茶的渥堆发酵中是减少的，由晒青原料时的51.49%减少至五翻混合样的40.84%，减幅20.68%。水浸出物在晒青茶、青饼的贮存过程中呈现有增有减。晒青茶、生普洱茶（青饼）在湿仓贮存中呈减少趋势，由贮存前的43.88%（晒青茶）、46.61%（青饼）减少为2年期的38.04%和38.80%；而晒青茶、生普洱茶（青饼）在干仓的贮存过程中，其水浸出物含量则呈波动性增加，2年期的干仓晒青茶和干仓生普洱茶（青饼）的水浸出物含量分别增至45.47%和46.79%，增幅分别为3.62%、0.39%，稍有增加。
四、咖啡碱含量变化
咖啡碱是茶叶中主要的嘌呤碱，呈苦味，是构成茶汤的重要滋味物质，与普洱茶品质呈正相关，相关系数为0.879。咖啡碱在普洱茶渥堆过程呈增加趋势，由原料的2.62%增至第五翻时茶坯的3.29%，增幅25.5%；湿仓贮藏与渥堆发酵一样，也呈增加趋势，在2年期的贮存过程中，晒青茶、青饼茶的咖啡碱分别由存放前的3.36%、3.23%增至3.58%、3.91%，增幅为21.05%、6.55%；而在干仓中贮藏，咖啡碱的含量则呈减少趋势，分别降至3.28%（晒青茶）、3.13%（青饼），降幅2.38%、3.10%。
五、氨基酸含量变化
氨基酸是构成茶汤滋味的重要化学成分，能增强茶叶的鲜爽味。不论是渥堆发酵还是何种条件下的贮藏陈化，氨基酸含量均呈减少趋势，其中以渥堆发酵和湿仓贮存的降幅为明显，分别由渥堆发酵前的1.33%和贮存前的1.38%（晒青茶）、1.24%（青饼）降至0.56%、0.31%、0.27%，降幅达50.44%、77.54%、53.54%；干仓贮存，茶叶中的氨基酸含量的降幅要缓慢的多，至2年期时，降幅仅为25.36%（晒青茶）、11.29%（青饼），还保留有1.03%（晒青茶）和1.10%（青饼）。周红杰、龚淑英等研究也表明，经渥堆发酵后的熟普洱茶中的氨基酸含量在其贮存过程中也趋于减少。
1.在普洱茶后发酵中，不论是潮水渥堆发酵还是湿仓贮存陈化以及干仓的贮存陈化普洱茶，其茶坯中的茶多酚和氨基酸含量均随时间的递增而减少，茶褐素的含量则随时间的延长而增加，其三者的变化趋势不因后发酵的条件不同而不同，此为共性。
2.在普洱茶的潮水渥堆发酵和湿仓贮存陈化普洱茶的后发酵过程中，茶多酚、氨基酸、水浸出物和茶红素的含量均随着时间的递增呈减少，茶褐素和咖啡碱的含量则呈现增加，其间两者所发生的主要化学成分的变化趋势基本相同；试验研究中，表现变化趋势不同的仅有茶黄素，即在普洱茶的潮水渥堆后发酵中其含量呈增加，而在普洱茶的湿仓贮存陈化过程中则呈减少，这就是两者中的一点差异。
3.干仓贮存陈化普洱茶的后发酵，其间发生的化学成分变化趋势，与潮水渥堆和湿仓贮存陈化完全呈现一致性的成分为茶多酚、氨基酸、茶褐素，与潮水渥堆后发酵相一致的是茶黄素含量的变化；而水浸出物、茶红素和咖啡碱含量的变化则与前两种后发酵的变化相反，呈现一些特异性，即干仓贮存陈化普洱茶的水浸出物和茶红素含量随时间递增而增加，咖啡碱则随之缓慢递减，这就是干仓贮存陈化普洱茶的魅力之部分体现。
4.由于茶坯上着生微生物多少与温湿度高低的不同，也导致化学成分变化快慢不一，潮水渥堆发酵的为最快，其次为湿仓贮存陈化，最慢的为干仓贮存陈化.（来源：百年古树茶友会，图来源：网络）
