虽然都叫做“花茶”，但二者有本质的不同：传统的茉莉花茶中没有花，只有茶，在冲泡时散发出茉莉花香（一些新工艺茉莉花茶会保留一些花瓣，只是为了美观，香气还是来自于茶；还有一些低等级的茉莉花茶没有拣出花瓣）；而菊花茶中没有茶，只有干的菊花。之所以都叫“花茶”，是因为“茶”有两种含义：在本来意义上，“茶”是茶树鲜叶经过各种加工、干燥而得到的产品；
广义上，人们把任何植物的花、叶、果等干燥之后泡水得到的饮料，也叫做茶。广义的茶，通常叫做“代茶饮”“花草茶”“花果茶”等等。
茉莉花茶的“茶”，是本义上的茶；菊花茶的“茶”，是代茶饮意义上的茶。
那么，为什么人们把茉莉花用来做本义的茶、把菊花做花茶草，而不是相反呢？
这得从两种花的特质说起。
茉莉花有浓郁芬芳的香气。这种香气来源于花瓣中的挥发性有机物，主要是酯类、醇类和烯萜类化合物。科学家们对茉莉花香进行过许多研究，识别出了超过一百种不同的挥发性分子。
这些分子混在一起，刺激我们的嗅觉细胞，就产生了茉莉花的特有香气。不同的品种、不同的种植条件、不同的时期，茉莉花释放出的香气分子组成和量不尽相同，也就产生了不同的茉莉花香。
茉莉被称为“气质花”。在花蕾尚未完全形成的时候，几乎不会释放出香气。随着花蕾逐渐成熟，花瓣微微张开，就开始释放香气分子。随着花瓣开放的进行，各种香气分子的释放量逐渐增加，然后盛极而衰，最后花瓣枯萎，香气殆尽。整个过程，只持续十几个小时。
也就是说，茉莉花一旦开放，就会释放出这些香气分子——它们是挥发性的，无法保留在花中。所以，如果把茉莉花进行干燥做成“花草茶”，几乎不会留下这些香气分子。再用来泡水，也就不会有茉莉花的芳香。
要把茉莉花香留下，只能任由它们释放，在飘散之前收集起来。一百多年前，智慧的前人们发明了一种“窨制”工艺，把茉莉花香留在茶叶中，就得到了茉莉花茶。
这是因为，茶叶的叶片内部有大量中空的管道和孔隙，实际的表面积非常大。而且茶叶很干燥，茶叶表面的分子对于茉莉花释放出来的那些香气分子具有很强的吸附能力。
“窨制”工艺能够实现的另一个原因，是茉莉的开放“吐香”并不需要在茉莉树上进行。等到花蕾成熟、含苞待放，把它们采摘下来跟茶叶混在一起，茉莉花蕾内部的生命活动继续进行，花瓣张开，香气分子就释放出来。
花瓣周围都是茶叶，这些香气分子也就被吸收留下。等到花瓣凋萎，茉莉花也就完成了使命。高级的茉莉花茶会剔除花瓣，所以“茉莉花茶只有茶没有花”。为了增加吸附量，往往还要多次重复这个过程
茶叶对这些香气分子的吸附能力比较强，在通常的条件，尤其是低温密封保存，这些香气分子会平静地呆在茶中。等到冲泡的时候，温度升高，它们就会挣脱束缚，游离出来，我们就闻到了茉莉花的香气。
茉莉花茶的香气有多浓，取决于两方面的因素：一是窨制时用了多少花、窨制了多少次，用的花多越多、窨制的次数越多，茶叶吸收的香气分子也就越多；
二是所用茶叶（称为“茶坯”）的品质，茶叶原料越细嫩、茶坯越新鲜、茶条越舒展，其表面积就越大，吸附能力就越强，能够吸附的香气分子也就越多。
而菊花茶则是另一种状况。菊花开放时也有香气释放，但菊花香远不像茉莉花香那样具有吸引力。它的特质，在于其中的黄酮类物质和绿原酸。有研究做过检测，菊花用热水浸泡，能有一半左右的固体物质溶出到水中。
其中有大量的黄酮类物质和绿原酸，这也就是菊花茶呈现浅黄色的原因。黄酮类物质具有抗氧化性而被认为有益健康，而绿原酸更是因为具有抗菌病毒的活性而被当作是菊花的“功效成分”。
黄酮和绿原酸都不是挥发性的，把菊花干燥之后能保留下来。而它们都能够溶到热水中，所以可以做成“花草茶”。反之，如果把它们像茉莉花那样用于“窨制”，黄酮和绿原酸也不会跑到茶叶中，而它们也不会释放多少香气物质去被吸附。
